顆粒計數器能產生一束狹小而明亮的激光，光束與被檢測的液體流向垂直，水體中的粒子阻擋入射光束，使光強度減弱，從而產生電壓變化，產生脈沖信號，脈沖信號的多少反映了粒子的數量。顆粒計數器能實時反映出水中不同顆粒的粒徑和數目，以及它們在水中分布狀態(分段2～400μm表征粒子的數量)。該儀器比濁度儀敏感度高，更能反映水質的綜合特征。

　　由于原水中的一些微生物如賈第鞭毛蟲的包囊長8～12μm，寬7～10μm，隱胞子蟲卵囊大小為4～6μm，用濁度儀難以準確反映實時的微生物量，而采用顆粒物計數儀則可一目了然地看到有關粒徑范圍的顆粒數，從而間接判斷微生物的可能存在數量，為使用者提供是否存在生物污染的信息。

　　由于正常的抽樣檢測“兩蟲”的方法耗時長(約3～4d才能有結果)，不利于實時工藝控制。對于直飲水而言，水質風險的實時控制非常重要，因此顆粒計數儀的作用突顯，雖然顆粒計數儀的數據不能直接表示兩蟲的數量，但指示了潛在風險值。目前我國《生活飲用水衛生標準》對賈第鞭毛蟲、隱胞子蟲的飲用水質標準均為<1個/10L，若采用顆粒計數方法，國際上通用的安全標準是濾后水中大于2μm的顆粒數小于50個/mL。